Ancien élève de l’École normale supérieure, François Héran est agrégé de philosophie et docteur en anthropologie et en sciences sociales de l’EHESS. Il a mené des recherches en Espagne et en Bolivie avant de rejoindre l’Ined en 1980. Il a travaillé à l’Insee sur les enquêtes démographiques, dirigeant la division des enquêtes et études démographiques (1993-1998). Il a mené des enquêtes sur la sociabilité, la formation des couples, la transmission des langues, et l’immigration, tout en développant des statistiques sur les descendants de migrants et les discriminations. Parallèlement, il a publié des travaux sur l’historiographie des sciences sociales, la sociologie et la philosophie, ainsi que les systèmes de parenté. 

En octobre 1999, il est appelé à la direction de l’Ined qu’il dirigera pendant plus de dix ans. En 2010, il reçoit le prix Descartes-Huygens de l’Académie royale des sciences des Pays-Bas. En 2017, il fonde l’Institut Convergences Migrations. Il est élu Professeur au Collège de France où il inaugure la chaire Migrations et sociétés.